清代为避康熙皇帝玄烨的名讳，改称“大高元殿”，后又更名“大高殿”。明万历和清雍正、乾隆、嘉庆、光绪年间，都曾进行过重修。
大高玄殿外景（1937年）
大高玄殿的山门外原有四柱九坊的牌坊三座，还有“九樑十八柱”的习礼亭两座。其造型奇特，色彩艳丽而庄重，乃是道教礼仪中最高等级的建筑。1996年11月被列为第四批全国重点文物保护单位。
2004年，南牌楼在大高玄殿门前的筒子河北岸重建，并将“乾元资始”石匾从月坛公园找回，安装在该牌楼上归其原位。
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