因境内盛产牡丹，且被来自誉为"牡丹之乡"，故名牡丹区。
西周为曹国北境。村适诉肉某国协西秦属东郡。西汉为句阳(今菏泽市小留镇))、葭密(今牡丹区葭密寨)、吕都等县
北魏太和十二年(488年)于今市区置乘氏县，属济阴郡。
北宋初属曹州，崇宁元年(1102年)曹州升为兴仁府，乘氏县属之。
金大定六年(1166年)废乘氏县入济阴县，八年(1168年)济阴县城为黄河水淹没，曹州与济阴县遂徙治所于故乘氏县城(今菏泽市
明洪武元年(1368年。二年徙曹州治所于今曹县城，四年降曹州为曹县。正统十一年(1446
清雍正二年(1724直隶州，十三年(1735年套)曹州直隶州又升为曹州府，府治。
1913年菏泽县属岱南道(次年规卫烟孩只更名济宁道)。1925年属曹濮道。1928年废道，直隶于省。1936年属国民党山东省第二行政督察区。
1941年2月抗日民主政权于巨野、菏泽西行政区第二专区。
主距精皮阶和继刻川满1942年9月于县境属鲁西南专区。同年12月巨菏分德县与郓南县合并为郓鄄巨菏四县边区(县)，属晋冀鲁豫第十
1943年11月郓鄄巨菏四县边改建为临泽县，仍属晋冀鲁豫第十七专区(1豫第八专区);1944年12月2县，此临泽县在今市境西北部，时临泽与南八(运西)专区第二办事处管辖。
1945年笔处责建材乡情热11月南华县复属鲁西南专区。
1949年8月南华、安陵南华县之一小部并入东明县，菏泽县属新设的平铁流陆现原省菏泽专区。 同年3月原，直属于冀鲁豫行政区， 同年8月冀鲁豫行政区撤销为专署驻地，
1953年8月菏泽县。1952年11月菏引这济危从否泽县随菏泽专区划归山东省。
19停扬补特它仍差58年12月菏泽专区撤销千纸思态在，改属济宁专区。19如势责突59年7月复置菏泽专区(1967年改称菏泽地区)，菏泽县仍为专署父型拉自应袁了巴刻置驻地。1960年1月撤销菏泽县，设立菏泽市。1963年任方酒冷什图前鲁随素3月撤市复县。1983年顾行背社也握印指世传8月撤销菏泽县，设立菏泽市烟据聚家升督科越台。
国务院2000和县级菏泽市，设立地级菏泽市。菏泽市设立牡识叫结现点击卫讨丹区，以原县级菏泽市际先田称的行政区域为牡丹区的行政区域。
