自从与石达开在福建分道扬镳后，石镇吉带领的另一路太平军并没有远离石达开本部。来开石达开后，石镇吉率领几万大军攻克龙岩，随后挥师入粤，取大埔，克嘉应州（梅州），斩杀知府文晟。占领嘉应州后石镇吉对兴宁发起进攻，未能攻克，随后全军离开嘉应，经连平抵达韶关。这时，石镇吉听说石达开围攻宝庆，他便率军入湘。石镇吉部与清军在临武激战，被清军击败，两司马罗炳荣被擒，清军误以为两司马是太平军军中大员，大肆渲染，声称擒擒获太平军大将，向朝廷邀功请赏。
石镇吉西进
石镇吉部随后在临武宁远一带与清军继续展开激烈战斗，始终无法突破宁远北上，石镇吉随后将战场西移，继续在永明附近战斗。随着石达开部进攻宝庆失败的南撤，石镇吉放弃北上计划。1859年7月，石镇吉攻克永明后，开始进入广西。石镇吉率领两万余兵力进入广西，搞得声势浩大，清军随之尾追至灌阳，被石镇吉击败。石镇吉乘胜进攻恭城、平乐。广西北面有石达开的部队，广西西面又出现太平军，清军被迫调遣兵力迎战石镇吉，这对石达开部队入桂减轻了压力。石镇吉随后挥师北上，独自攻打桂林。桂林守军并不多，但是城中火炮弹药充足，加上从梧州运过来的三千斤大炮助力，猛烈的炮火极大杀伤石镇吉的部队，太平军被迫后退十余里。同时，清军从水路迅速增援桂林，石镇吉放弃桂林南下永福、永安。
兵败匹夫关
石达开的部队退入广西后没有攻打全州、桂林，而是游走在湘桂边境的山区，取道龙胜、三江、融安，最终抵达庆远（宜州）。石达开的部队选择在庆远休整，虽然能有效避开清军的围剿，但是庆远地处偏远山区，物资匮乏，并不适合大规模军队的休养生息。石镇吉从桂林撤至永安这个熟悉的地方后没有停下脚步，他继续向宾阳出发，并攻克宾阳。石镇吉在宾阳向北攻取了上林，但进攻南宁未能成功。1859年12月，石镇吉命国宗石达德进攻思恩府（平果），石达德兵败身亡。于是石镇吉全军开拔，离开宾阳，直扑思恩府，成功破城。
匹夫关相关碑刻
石镇吉西进的本意是和石达开部并肩作战，只是一直没有会合，可能石镇吉要的就在这种若即若离的效果吧。攻取思恩府后，石镇吉继续进攻百色。太平军用穴地攻城法成功将城墙轰开十余丈缺口，但清同知陶兆恩、署右江镇总兵富顺开等殊死抵抗，成功击退太平军。石镇吉攻城伤亡很大，他最终选择放弃，转而沿红水河向东往庆远投奔石达开。
匹夫关
然而，当石镇吉部行至都安菁盛乡匹夫关时，遭遇当地团练潘梧的的伏击。菁盛乡一带地势崎岖险要，易守难攻。特别是匹夫关，是此处红水河的咽喉，占尽地利优势。石镇吉部和潘梧的部队展开拼杀，激战五日，石镇吉的父亲、叔、弟及养子皆阵亡，石镇吉和翼贵舅黄贵生（石达开之舅）、宰制陈玉麟被擒并被押往桂林以极刑处死，一代天国悍将陨落。
